История Шапсугской не начинается только с даты основания казачьей станицы. Окрестности были освоены задолго до XIX века, а самый заметный древний слой — дольмены и другие мегалитические памятники.
Территория также связана с адыгским, в том числе шапсугским, историко-культурным контекстом. Это важная часть локальной идентичности предгорий: старые дороги, речные долины, лесные тропы и местные предания.
В 1834 году здесь было основано Николаевское укрепление как часть военной истории Кавказа. Позже, в 1863 году, казаками-черноморцами была основана станица Шапсугская. Современная административная история станицы ведет отсчет именно с этого периода.